崇祯皇帝的来信，有几个主要意思。
以最快平叛为首要目标。
朝廷必须全力支持沐天波。以大义为导向，确定他大明国公的正统地位，将沙定洲之乱定义为犯上作乱。
在最快平叛的同时，尽可能利用当地的其他土司军。许诺其金银、钱粮，盐茶，以及瓜分沙定洲的地盘，要求并鼓励其参与平叛。在过程中，尽可能保存自军实力而削弱各土司军的实力。
凡是参与沙定洲叛乱，或者附从叛乱者，一个不赦，从重从严处置。男性全部斩杀，女性赏给有功将士，以震慑其他土司。
而在平乱过程中对于那些不听朝廷号令，或者存有坐山观虎斗的土司，可联合其他土司共同讨伐攻灭，将之彻底铲除。
若条件有限，可缓慢图之。
对于沐天波，对之应该抱有最大的尊重，但应逐渐削弱其在云南的影响力，以便朝廷在云南重建统治。
等时机合适，朝廷会将之调离云南。
鼓励各土司带兵助朝廷剿贼平虏，多给予其金银，大量赠其中原的精美瓷器、丝绸等种种，以逐渐引诱他们听从朝廷号令。
凡有功的土司将士，直接越过土司给予其奖励，以分化他们和自己土司的关系，让他们逐渐倾向于亲近朝廷。
云南之地，其他族百姓太多，而汉人太少，难以形成有效统治。朝廷会逐渐向云南移民，将云南彻底变成汉人行省。